科学捜査を専門とするニューヨーク市警の刑事、リンカーン・ライム（デンゼル・ワシントン）は、かつて全米でも有数の犯罪学者であった。多くのベストセラー本の著者でもある彼は、細部に行き届く目と、手掛かりをかぎ出す鼻の持ち主として警察内では伝説的存在である。しかし彼は4年前、職務遂行中に脊髄に致命的な損傷を負い、手足の自由を奪われ、寝たきりの身体となっていた。首から下でライムが動かせるのは両肩少しと一本の指、ただそれだけ。さらに、いつ襲い来るかわからない自律神経発作が頻繁に発生する。彼は、生きる意志をほとんどなくしてしまっていた・・・・・。 　青少年課への異動を目前に控えたパトロール警官アメリア・ドナヒー（アンジェリーナ・ジョリー）は、暗い過去を背負いながらの生活で自分を見失い、結婚を迫る恋人との関係もままならず確かな返事ができないでいた。最後のパトロールで受けた無線連絡。一人で犯罪現場にたどり着いた彼女が発見したのは、土の中に埋められた見るも無惨な男の死体だった。現場周辺に残された意味不明な物的証拠。それらが形を崩す前に素早い対応でカメラに収めた彼女の行動は正当な評価を得る。

	ライムの同僚ポーリー・セリート刑事（エド・オニール）と彼のパートナーで新人のソロモン刑事（マイク・マッグローン）は、この謎めいた事件の解明のためにライムに協力を求めるが、そのときライムの身体を神経発作が襲った。ライムをケアする看護婦セルマ（クイーン・ラティファ）がすぐに緊急措置をして何とかその場を持ちこたえる。その後、捜査の指揮をとることになったライムの部屋は、物的証拠の分析に使われる様々なハイテク機器が導入された科学捜査班特別対策本部と化した。証拠のファイルの中に入っていたアメリアの撮った写真を見たライムは、その的確な判断に感心する。そして、アメリアの意志に反して、ライムは自分の助手に彼女を任命した。この殺人が偶発的なものでなく、恐ろしい犯罪心をもった人間＝猟奇殺人鬼の仕業だということ、しかも奴は殺しを始めたばかりだということにライムは気づく。

	第一の現場に残された有毒公害物質“アスベスト”、頭の部分が酸化したボルトで押さえられた新聞紙・・・・数々の物的証拠から複雑なパズルを組み立てて行くライム。犯人は明らかに次の殺人の演出を施していた。だが、身体の93％が麻痺していてもライムの鋭い頭脳は健在だった。次の犯行時間と現場が解明したのだ！科学捜査班は緊急班より先に現場に着かなくてはならない。なぜなら緊急班が現場を荒らし、証拠品が意味を成さなくなるからだ。さらには、ライムに理解を示さない単細胞のチェイニー部長（マイケル・ルーカー）の存在も科学班には大きな障害となっていた。 　残忍なる見えない敵の次の忌まわしい行為を阻止するべく、ベッドから無線で指示を送るライムに従い、まだ犯人が潜んでいるかも知れない犯罪現場を探るアメリア。次の被害者の命を救うタイムリミットに間に合うかどうかというわずかな時間で、彼女は手掛かりを見つけ出し、ライムはそれを解明しなければならない。懸命な捜査にもかかわらず仕掛けられた巧妙な罠が、第二、第三の異形の屍を出して行く中、アメリアは、鑑識調査の経験がない自分がなぜ捜査に加わるのか疑問を感じながらも、ライムの目、耳、足となって謎に包まれた事件に立ち向かって行く。その一方で、敵はさらに難解な手掛かりを残し彼らを苦しめる。そして捜査線上に1900年代初頭に書かれた一冊の古書が浮かび上がった。