ニューヨーク市警の刑事ジェイムズ・エドワーズは、黒いスーツに身を包んだ男・Ｋにスカウトされ、最高機密機関MIB（MEN IN BLACK）の一員となる。過去を抹殺され、名前もただのＪとなった彼は、現在地球上には約1,500ものエイリアン達が、人間に姿を変えて暮らしていることを知る。エイリアン達が、犯罪や侵略行為に出ないように監視し、彼らの存在を世間から隠す事がMIBの任務だった。その頃、地上のエイリアン達の間に不穏な動きが広がりつつあった。バグと呼ばれる凶暴なエイリアンが地球に無断侵入。それを察知した彼らが地球からの脱出を図っているのだった。こうしてＭＩＢとエイリアン達の銀河系の存亡に賭けた戦いが幕を開ける！