すべての事件は、巨大企業アンブレラ社によって密かに仕組まれていた。 ラクーンシティの地下深く隠されたアンブレラ社の巨大研究所“ハイブ”。密かに開発中の“T-ウイルス”が、漏洩される。汚染被害を最小限に抑えるため、コンピューターが出口を封鎖。逃げ場を失った研究員たちには、死の道しかなかった。 一方、ハイブの入り口となっている古い洋館。眠っていたアリス(ミラ・ジョヴォヴィッチ)とマット(エリック・メビウス)は、アンブレラ社が事態収拾のために派遣した特殊部隊に捕らえられる。アンブレラ社が機密保持のため散布した神経ガスに記憶を奪われた二人は、自分の正体さえ分からない。特殊部隊は二人を連れて、反逆するコンピューターを停止するため、未知のウイルスが蔓延するハイブへ潜入。 やがて記憶を取り戻したアリス。蘇る忌まわしい記憶の断片で、アンブレラ社を倒すため、T-ウイルスを盗もうとしていたことを思い出す。マットもアリス同様、アンブレラ社の研究を暴こうとしていたのだ。 悪戦苦闘の末、セキュリティー解除に成功。が、今度は死んだはずの研究員たちがT-ウイルスによって生きる屍“アンデッド”となって襲来。おびただしいアンデッドの群れと闘いながら、ハイブの出口が封鎖されるまでに脱出することに。 壮絶な闘いを終え、アリスとマットの二人だけが生き残る。喜びもつかの間、今度は白衣を着た男たちに取り押さえられてしまう。マットは『ネメシス計画に、使える』という言葉と共に連れ去られ、アリスも意識を失う。病院で目覚めたアリスは、本能のまま逃げ出すが、目にしたのは、荒れ果てたラクーンシティだった。