彼はその運命に「苦悩」した
スパイダーマンとしての運命を選んだピーターだったが、MJへの想いは断ち切れていなかった。ハリーは亡き父の会社を受け継ぎ、MJは夢だった女優の道を歩み始める。ある日、ピーターは、ハリーが投資するオットー・オクタヴィウス博士の特殊な核融合プロジェクトの公開実験に招待される。しかし実験は失敗、核装置が暴走を始めた。ピーターはスパイダーマンに変身し爆発を食い止めるが、博士は事故の影響で人工知能を持つ4本の金属アームと肉体が融合、怪人ドック・オクとなってしまった！一方、MJはピーターへの愛を振り切るために、デイリー･ビューグル紙の編集長であるJ･ジェナ・ジェイムソン氏の息子であり、宇宙飛行士のジョンからのプロポーズを受けて入れてしまう。MJの婚約に打ちのめされたピーターは苦悩し、スパイダーマンを辞めることを決意する。
コスチュームを棄て、普通の人間として生活をおくるピーターだが、伯母のメイから｢人々はヒーローを求めている｣と諭される。そんな中、狂えるドック・オクは、もう一度、実験を再現すべくその協力をハリーに強制。ハリーは「スパイダーマンを捕らえてくれば」と取引を持ちかける。条件を飲んだ彼はスパイダーマンをおびきだすためにMJを誘拐する。再びスパイダーマンとなったピーターは、MJのためにドック・オクを追い、高層ビルや電車を舞台に激闘を展開する。が、ついにハリーに正体を知られてしまうことになる。
死闘の末、ついにドック・オクを倒すが、核装置がまたも暴走！もう少しでNYが吹き飛ぶという、まさにその時、正気を取り戻したドック・オクが自らを犠牲にして装置を止めるのだった―。戦いの後、ピーターはMJに正体を明かし、別れを告げる。だがMJはジョンとの結婚式当日、花嫁姿のまま式場を抜け出し、ピーターの元へ。ついに結ばれる二人―。一方、ハリーは父親ノーマンの声を聞く。これは幻覚か？その言葉に導かれるように、父の秘密部屋を見つける。そこには、かつてのグリーン・ゴブリンとなるための一切の装置が隠されてあった―。
