巨大企業アンブレラ社が地中深くに作り上げた秘密研究所ハイブ。ここで開発中のウィルスが何者かの手によって空気中に漏洩した。メインコンピューターは汚染が地上に拡大するのを防ぐために研究所を封鎖。これによってすべての所員の生命が失われた。アンブレラ社は特殊部隊を派遣するが、ハイブに進入した彼らを待っていたのは、ウィルスがもたらした戦慄すべき光景だった・・・！

アンデッドの街と化したラクーンシティでアリスは生存者のジルたちと行動をともにしていた。そこへ、全ての元凶＜Ｔーウイルス＞を発明したアシュフォード博士から電話が入る。彼は街に核爆弾が投下されると告げ脱出を手引きする代わりに、娘の救出を要求する。さらに、背後には追跡者“ネメシス”の陰も忍び寄っていた。最悪の結末まで、あとわずか。果たして彼らは、無事に生き残れるのかー。

ラクーンシティでの惨劇から数年後、Ｔ－ウイルスの感染は世界中へ広がり、人類はアンデッドへ、地上世界は砂漠へと化していた。さらにアンブレラ社ではアリス計画が始動し、アリスのクローン実験が繰り返されていく、そんな中、独り世界を彷徨うアリスは、離れ離れになっていたカルロスたちと再会、そしてクレアと彼女が率いる武装集団も新たな仲間に加わり、燃料や食料を確保するため荒涼のラスベガスへ向かうのだが・・・。

ウィルスによって破壊された世界で、ゾンビ達の犠牲者は数を増すばかり。アリスは生存者を捜しながら、安全な場所へと皆を避難させることに奔走していた。アンブレラ社とアリスの戦いは新たなステージを迎えていた。そんな中、アリスの旧友が現れる。ゾンビ達から逃れ、新しい安息の地ロサンジェルスへと向かうが、そこは安息の地ではなくおびただしい数のゾンビ達がはびこる、死の街と化していた。アリス達はこうして罠へと足を踏み入れていく・・・

アンブレラ社が開発したT－ウィルスが蔓延し、地球はアンデッドに覆い尽くされようとしていた。人類最後の希望であるアリスは、アンブレラ社に囚われ、ある極秘施設の中で目覚める。アリスはその巨大な施設から脱出しようとするが、気がつくと東京、ニューヨーク、モスクワなどの壊滅したはずの都市に移動している。実は、その施設には、世界を覆す驚くべき秘密が隠されていた。しかも、全ての背後には、アンブレラ社をも裏切った最凶の黒幕が・・・・・・。元仲間がアリスを攻撃し、かつての敵が手を差し伸べる。アリスは誰を信じ、何を疑えばいいのか？最終決戦に向けて、アリスの壮絶な戦いが始まる！

人工知能レッドクイーンとの戦いに敗れ、瓦礫の中で独り目を覚ましたアリス。そんな彼女の前に廃墟のコンピューターを通じてレッドクイーンが現れ、48時間以内に人類は滅びること、そしてそれを食い止める方法を告げる。敵からの思いがけない言葉に半信半疑のまま、アリスはラクーンシティへと向かう。　滅亡へのタイムリミットが刻一刻と迫る中、命を捨てて最後の戦いに身を投じるアリス。やがて明らかになる、彼女にまつわる重大な秘密とは？想像を絶するファイナル・ファイトの果てに見えるのは、希望か、それとも絶望か……!?

製薬会社アンブレラ社の拠点があるラクーンシティ。
この街の養護施設で育った主人公クレア・レッドフィールドは、アンブレラ社がある事故を起こしたことで、街に異変が起きていると警告する不可解なメッセージを受け取り、ラクーンシティへと戻ってきた。
R.P.D.（ラクーン市警）の兄クリス・レッドフィールドはクレアの言うことをありえない陰謀論とあしらうが、やがて二人は街中を彷徨う住民たちの変わり果てた姿を目の当たりにする。次々と襲い掛かってくる住民たち。
そんな中、アンブレラ社が秘密裏に人体実験を行ってきたことが徐々に明らかになっていく…。

ラクーンシティで起きた『アンブレラ事件』。最大手製薬会社アンブレラ社が生み出したt-ウィルスには生物を凶暴化させる効果があった。しかし、このウィルスが感染拡大したことにより住民らがゾンビ化したため、米国政府はミサイル攻撃による<滅菌作戦>を実行し、ラクーンシティは消滅することになった。忌まわしい事件から７年。惨劇は再びアメリカ中西部工場都市の空港で起ころうとしていた。バイオテロや薬害被害者救済を行うべく、ＮＧＯに所属していたクレア・レッドフィールドは空港利用客の中にゾンビを発見。警備員が噛まれたことを発端に続々と一般客や空港職員が感染していき空港内は大パニックとなる。時同じくして、空でも旅客機内でウィルス感染者が出たことで緊急着陸するべく空港へ向かったが、パニックになっているロビーへ激突してしまう。さらに機内から降りてきた乗組員や乗客らは皆ゾンビ化していた。一方、合衆国大統領は直轄のエージェント、レオン・Ｓ・ケネディに任務を受け、事態鎮圧の特別指揮官として空港へ向かわせるが・・・

旧ソビエトの社会体制崩壊後、独立し主権国家となった東スラブ共和国。しかしその後、富裕層（オルガルヒ）の支援を受ける政府側と、貧困層の民衆で構成される反政府勢力側との間で紛争が繰り返されていた。この内乱が過激化する中、各地で「戦場でモンスターを見た」という奇妙な噂が流れ始めるのだった…。この情報を受けた米国はB.O.W.拡散を危惧し、大統領直属エージェント、レオン・Ｓ・ケネディを現地に単独潜入させる。だが、政府事情により米国は突如撤退を決め、レオンにも退去命令が下る。 「B.O.W.の手掛かりがここにある以上、俺は残る―。」米国政府のサポートない中、独り戦場へ駆け出すレオンだったが、リッカー（B.O.W.）が現れ、反政府勢力側に拉致されてしまう。反政府勢力のメンバーであるアレクサンドル（サーシャ）・コザチェンコ　／バディ（相棒）とJD、長老会議の指導者アタマン（長老）であるイワン・ジュダノビッチ、そして椅子に縛られたレオン。絶体絶命の状況の中、政府軍の攻撃が開始される―。

対バイオテロ組織「BSAA」のクリス・レッドフィールドは、国際指名手配犯であるグレン・アリアスを追っていたが目前で逃してしまう。一方、元ラクーン市警「S.T.A.R.S.」の一員レベッカ・チェンバースは、ある不可解な事件の調査に大学教授として携わっていたが、突如研究所が襲撃され、死の危険にさらされてしまう。大統領直轄のエージェント組織「DSO」所属のレオン・Ｓ・ケネディと再会を果たしたクリスは、アリアスの真の目的が「バイオテロ」だと掴み、それを阻止すべく共にニューヨークへと向かうのであった。