巨大企業アンブレラ社が地中深くに作り上げた秘密研究所ハイブ。ここで開発中のウィルスが何者かの手によって空気中に漏洩した。メインコンピューターは汚染が地上に拡大するのを防ぐために研究所を封鎖。これによってすべての所員の生命が失われた。アンブレラ社は特殊部隊を派遣するが、ハイブに進入した彼らを待っていたのは、ウィルスがもたらした戦慄すべき光景だった・・・！

アンデッドの街と化したラクーンシティでアリスは生存者のジルたちと行動をともにしていた。そこへ、全ての元凶＜Ｔーウイルス＞を発明したアシュフォード博士から電話が入る。彼は街に核爆弾が投下されると告げ脱出を手引きする代わりに、娘の救出を要求する。さらに、背後には追跡者“ネメシス”の陰も忍び寄っていた。最悪の結末まで、あとわずか。果たして彼らは、無事に生き残れるのかー。

ラクーンシティでの惨劇から数年後、Ｔ－ウイルスの感染は世界中へ広がり、人類はアンデッドへ、地上世界は砂漠へと化していた。さらにアンブレラ社ではアリス計画が始動し、アリスのクローン実験が繰り返されていく、そんな中、独り世界を彷徨うアリスは、離れ離れになっていたカルロスたちと再会、そしてクレアと彼女が率いる武装集団も新たな仲間に加わり、燃料や食料を確保するため荒涼のラスベガスへ向かうのだが・・・。

ウィルスによって破壊された世界で、ゾンビ達の犠牲者は数を増すばかり。アリスは生存者を捜しながら、安全な場所へと皆を避難させることに奔走していた。アンブレラ社とアリスの戦いは新たなステージを迎えていた。そんな中、アリスの旧友が現れる。ゾンビ達から逃れ、新しい安息の地ロサンジェルスへと向かうが、そこは安息の地ではなくおびただしい数のゾンビ達がはびこる、死の街と化していた。アリス達はこうして罠へと足を踏み入れていく・・・

アンブレラ社が開発したT－ウィルスが蔓延し、地球はアンデッドに覆い尽くされようとしていた。人類最後の希望であるアリスは、アンブレラ社に囚われ、ある極秘施設の中で目覚める。アリスはその巨大な施設から脱出しようとするが、気がつくと東京、ニューヨーク、モスクワなどの壊滅したはずの都市に移動している。実は、その施設には、世界を覆す驚くべき秘密が隠されていた。しかも、全ての背後には、アンブレラ社をも裏切った最凶の黒幕が・・・・・・。元仲間がアリスを攻撃し、かつての敵が手を差し伸べる。アリスは誰を信じ、何を疑えばいいのか？最終決戦に向けて、アリスの壮絶な戦いが始まる！

人工知能レッドクイーンとの戦いに敗れ、瓦礫の中で独り目を覚ましたアリス。そんな彼女の前に廃墟のコンピューターを通じてレッドクイーンが現れ、48時間以内に人類は滅びること、そしてそれを食い止める方法を告げる。敵からの思いがけない言葉に半信半疑のまま、アリスはラクーンシティへと向かう。　滅亡へのタイムリミットが刻一刻と迫る中、命を捨てて最後の戦いに身を投じるアリス。やがて明らかになる、彼女にまつわる重大な秘密とは？想像を絶するファイナル・ファイトの果てに見えるのは、希望か、それとも絶望か……!?